公務員聘任制是2006年我國《公務員法》確立的一項公務員管理制度。2007年，深圳和浦東首先開展公務員聘任制試點，目前在深圳4萬多名公務員中，聘任制公務員占比10%。聘任制度作為一種新的嘗試和探索，是在我國公務員制度尚處于“幼年”時期進行的，不可避免地面臨以下問題。

制度設計不完善、法規建設不配套。從政策層面來看，目前關于公務員聘任制的制度設計少之又少，一些地方實行的公務員聘任制多是自選動作，有關部門尚缺少統一的指導性文件，也缺少針對試點地區、試點推廣時間、推廣路線等有關政策和方案的具體設計。譬如，在深圳，與聘任制同步配套實施了養老保障制度改革，實行社會養老保障加職業年金制度，直接實現與企業養老保險制度的并軌。這既可以解決長期飽受詬病的養老保險雙軌制問題，也可以實現公務員用人制度與社會其他職業群體用人制度的接軌，但遺憾的是很多地方在試點中并沒有學習這一經驗。從法規層面看，我國公務員法中關于聘任制的有關規定只是一些原則規定，較為宏觀、籠統和模糊，缺少具體可操作的指導性法律規定。而且，涉及公務員管理的單項法規比較缺乏，更缺少法規的實施細則。因此，一些地方在試行的過程中因理解不同、情況不同出現較大差異。

聘任制公務員管理面臨一些難題。一是嚴把關口難。按照我國公務員法規定，機關根據工作需要，可以對專業性較強的職位和輔助性職位實行聘任制。但對于“專業性較強的職位和輔助性職位”的界定并不十分清晰，給聘任制的公公正實現埋下了隱患，以至于一些地方出現了“考不進來調進來，調不來聘進來”的“蘿卜招聘”情況。二是嚴格標準難。聘任公務員有公開招聘和直接選聘兩種方式。其中，公開招聘參照公務員考錄程序進行，考試內容包括招聘職位所需的專業知識和工作技能等。但在實踐中，專業技能考試所占的比例并不高，考試內容也難以充分體現專業性和技術性。而直接選聘存在著選人范圍窄小、缺乏客觀標準、易受到人為因素影響等問題。如何“嚴格標準，堵死后門”，讓聘任方式更加科學、公正，考驗著管理者的智慧。三是嚴格考核難。目前，我國還缺少單獨針對聘任制公務員的科學的績效考評系統和考核體系。傳統的考評方式針對性不強、考評主體單一、考評內容寬泛，難以體現職位要求，也很難真正發揮考核作用。

實際操作中出現一些值得注意的傾向。一是“任期終身化”傾向。我國《公務員法》中只是規定依照合同對聘任制公務員進行管理，沒有規定合同的最長期限，在一些地方聘任制試點中，對公務員最長任用期限也缺少明確規定，這就可能造成聘任制公務員只進不出，從而形成事實上的“終身化”現象。二是“身份模糊化傾向”。公務員是代表政府行使公共權力進行公共管理的人員，扮演著“公共人”角色。但在聘任制制度設計下，公務員又不可避免地以“經濟人”角色出現在公共服務領域。這就造成聘任制公務員在身份定位上具有雙重性和模糊性，如何科學合理設定職務序列和工資等級等問題還有待解決。如何既保障公、又能吸引更多優秀人才有序進入公務員隊伍確實是實際操作中的難題。