一、獨立院校隨著高校改革進程，一部分獨立院校勢必會被國家各類公辦高校合并，這是國家建設雙一流高校規劃發展的必然重要歷程。

根據教育部、財政部、發展改革委聯合發布的《關于公布世界一流大學和一流學科建設高校及建設學科名單的通知》指出，到2020年若干所大學和一流學科進入世界一流行列，若干學科進入世界一流學科前列；到2030年，更多的大學和學科進入世界一流行列，到21世紀中葉，一流大學和一流學科數量進入世界前列，建設成為世界高等教育強國。要實現這樣的規劃，在高校改革發展過程中，部分辦學體系好、辦學實力突出的高校會逐步轉型成為部分著名高校的一部分，擴充著名高校的整體實力，促進建設世界一流大學、學科的力量。

二、也不排除一部分獨立院校褪去“民辦本科高校”的標簽，搖身一變成為國家公辦高校，正式加入國家公辦普通高校的序列，招生、錄取、人才培養體系、學科建設等具有很強的規范性。這樣也是國家對于民辦三本獨立院校的正確引導和關高校體制改革過程中比較突出的體制轉變，利用高校體制轉變，擴充國家高校合理運行的一種措施。

三、現階段我國民辦獨立院校發展的時間還不算是很長，從2000年到現階段一直在探索中發展，由于市場競爭機制以及民辦高校的辦學性質的制約，所有民辦本科高校目前的學費很高，而且學費設置機制混亂，沒有一定的法律法規有效的制約民辦高校的比較突出的收費問題，而且民辦高校的后勤工作服務保障機制處于無法有效監管狀態，致使部分民辦高校的整體辦學體制完全以市場盈利模式的導向發展，不利于高校的學術科研和辦學水的提升。由此可見民辦獨立院校的改革、合并、“回收”為公辦高校的問題趨勢是勢在必行的。

四、當然個別辦學實力一直不突出，學科體系不完備，不能適應高校體制改革需要，而且在辦學過程中出現諸多社會辦學問題和爭議以及造成嚴重的社會影響輿論的民辦本科高校會被取締招生資格，直接會被社會淘汰，預想當前這類民辦高校應該不在少數。

五、部分國家著名高校為了擴大影響力，協助地方高等教育發展，援建一些沒有國家著名高校的省份的高等教育，會設立分校。但設立分校需要大量的資金和地皮，個別獨立民辦高校也會作為首選目標，利用民辦高校現有的辦學設施和辦學條件，在此基礎上投入資金和補充師資力量，會更加節省成本投入。

總體上，民辦獨立院校的出現，是國家實施高等教育階段的補充，但我國正處于國家高等教育發展階段，現階段運行各類民辦獨立院校的市場辦學方向最為重要的補充，但隨著國家高校建設實力增強，高等教育發展世界影響力提升，隨著高等教育綜合實力增強過程中，民辦獨立高校會逐步被以合并、調整、回收成為公辦高校，甚至被取締辦學資格，這將是民辦獨立院校的最終結果。