山東省共有61所二本批次招生的大學參與了2016山東二本大學排名理科，其中排名第一的是濰坊醫學院，排名第二的是山東財經大學，排名第三的是濱州醫學院。
以下是山東二本大學排名2016具體榜單，根據2015年理科二本錄取均分排名，包含部分專業在二本招生的一本大學。
| 山東二本大學排名 | 學校名稱 | 錄取線差 | 省市分數線 | 錄取均分 |
| 1 | 濰坊醫學院 | 77 | 490(第二批) | 567 |
| 2 | 山東財經大學 | 74 | 490(第二批) | 564 |
| 3 | 濱州醫學院 | 66 | 490(第二批) | 556 |
| 4 | 山東建筑大學 | 65 | 490(第二批) | 555 |
| 5 | 煙臺大學 | 64 | 490(第二批) | 554 |
| 6 | 濟南大學 | 61 | 490(第二批) | 551 |
| 7 | 泰山醫學院 | 60 | 490(第二批) | 550 |
| 8 | 青島科技大學 | 56 | 490(第二批) | 546 |
| 9 | 北京電影學院現代創意媒體學院 | 55 | 490(第二批) | 545 |
| 10 | 山東理工大學 | 54 | 490(第二批) | 544 |
| 11 | 魯東大學 | 54 | 490(第二批) | 544 |
| 12 | 曲阜師范大學 | 52 | 490(第二批) | 542 |
| 13 | 青島大學 | 51 | 490(第二批) | 541 |
| 14 | 山東農業大學 | 50 | 490(第二批) | 540 |
| 15 | 山東科技大學 | 50 | 490(第二批) | 540 |
| 16 | 青島理工大學 | 49 | 490(第二批) | 539 |
| 17 | 山東中醫藥大學 | 48 | 490(第二批) | 538 |
| 18 | 青島農業大學 | 46 | 490(第二批) | 536 |
| 19 | 濟寧醫學院 | 44 | 490(第二批) | 534 |
| 20 | 齊魯工業大學 | 43 | 490(第二批) | 533 |
| 21 | 聊城大學 | 43 | 490(第二批) | 533 |
| 22 | 山東師范大學 | 42 | 490(第二批) | 532 |
| 23 | 山東政法學院 | 40 | 490(第二批) | 530 |
| 24 | 山東工商學院 | 38 | 490(第二批) | 528 |
| 25 | 山東交通學院 | 36 | 490(第二批) | 526 |
| 26 | 臨沂大學 | 36 | 490(第二批) | 526 |
| 27 | 齊魯師范學院 | 29 | 490(第二批) | 519 |
| 28 | 濰坊學院 | 28 | 490(第二批) | 518 |
| 29 | 泰山學院 | 27 | 490(第二批) | 517 |
| 30 | 濱州學院 | 27 | 490(第二批) | 517 |
| 31 | 山東青年政治學院 | 24 | 490(第二批) | 514 |
| 32 | 德州學院 | 24 | 490(第二批) | 514 |
| 33 | 山東管理學院 | 23 | 490(第二批) | 513 |
| 34 | 齊魯醫藥學院 | 21 | 490(第二批) | 511 |
| 35 | 山東體育學院 | 20 | 490(第二批) | 510 |
| 36 | 山東女子學院 | 20 | 490(第二批) | 510 |
| 37 | 濟寧學院 | 20 | 490(第二批) | 510 |
| 38 | 山東英才學院 | 19 | 490(第二批) | 509 |
| 39 | 菏澤學院 | 19 | 490(第二批) | 509 |
| 40 | 棗莊學院 | 18 | 490(第二批) | 508 |
| 41 | 山東現代學院 | 17 | 490(第二批) | 507 |
| 42 | 山東農業工程學院 | 17 | 490(第二批) | 507 |
| 43 | 山東工藝美術學院 | 17 | 490(第二批) | 507 |
| 44 | 濰坊科技學院 | 14 | 490(第二批) | 504 |
| 45 | 青島黃海學院 | 14 | 490(第二批) | 504 |
| 46 | 山東科技大學泰山科技學院 | 13 | 490(第二批) | 503 |
| 47 | 山東財經大學燕山學院 | 13 | 490(第二批) | 503 |
| 48 | 煙臺大學文經學院 | 12 | 490(第二批) | 502 |
| 49 | 山東藝術學院 | 12 | 490(第二批) | 502 |
| 50 | 中國石油大學勝利學院 | 11 | 490(第二批) | 501 |
| 51 | 煙臺南山學院 | 11 | 490(第二批) | 501 |
| 52 | 青島濱海學院 | 11 | 490(第二批) | 501 |
| 53 | 山東華宇工學院 | 10 | 490(第二批) | 500 |
| 54 | 山東財經大學東方學院 | 10 | 490(第二批) | 500 |
| 55 | 青島理工大學琴島學院 | 10 | 490(第二批) | 500 |
| 56 | 青島恒星科技學院 | 10 | 490(第二批) | 500 |
| 57 | 齊魯理工學院 | 10 | 490(第二批) | 500 |
| 58 | 青島農業大學海都學院 | 9 | 490(第二批) | 499 |
| 59 | 青島工學院 | 9 | 490(第二批) | 499 |
| 60 | 濟南大學泉城學院 | 9 | 490(第二批) | 499 |
| 61 | 山東協和學院 | 8 | 490(第二批) | 498 |
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