《勞動爭議調解仲裁法》第二十七條勞動爭議申請仲裁的時效期間為一年。仲裁時效期間從當事人知道或者應當知道其權利被侵害之日起計算。

前款規定的仲裁時效，因當事人一方向對方當事人主張權利，或者向有關部門請求權利救濟，或者對方當事人同意履行義務而中斷。從中斷時起，仲裁時效期間重新計算。

因不可抗力或者有其他正當理由，當事人不能在本條第一款規定的仲裁時效期間申請仲裁的，仲裁時效中止。從中止時效的原因消除之日起，仲裁時效期間繼續計算。

勞動關系存續期間因拖欠勞動報酬發生爭議的，勞動者申請仲裁不受本條第一款規定的仲裁時效期間的限制;但是，勞動關系終止的，應當自勞動關系終止之日起一年內提出。

加班工資屬于“勞動報酬”，適用特殊仲裁時效，勞動者在職期間或勞動關系終止后一年內提出加班工資的請求都是符合仲裁時效規定的。在勞動關系終止或解除一年之后，勞動者逾期提出加班工資主張的，才受到仲裁時效限制。

其次，關于工資支付憑證保存期為兩年的規定，不能簡單地理解為限制勞動者主張加班工資的訴訟時效。

原勞動部《工資支付暫行規定》第六條規定：“用人單位必須書面記錄支付勞動者工資的數額、時間、領取者的姓名以及簽字，并保存兩年以上備查。”

根據工資支付憑證保存期為兩年的規定，用人單位在這一保存期限內負有保存義務。用人單位履行了保存工資憑證義務，僅表明用人單位完全履行了保存期限內工資憑證所證明的已支付相應勞動報酬這一事實。而在此兩年期間之前或之后的工資支付義務(而不是保存義務)并不能當然免責。

事實上，關于工資憑證在內的財務憑證，財政部1998年頒布的《會計檔案管理辦法》規定了至少3年最長25年的保管期限。

第三，時效問題不能混同于勞動者對加班事實的舉證責任。

根據最高人民法院的司法解釋規定，勞動者對加班事實負有舉證責任。在雙方發生爭議前兩年內的加班事實，勞動者負有舉證責任;對爭議發生之前超過兩年的加班事實，勞動者也負有舉證責任。勞動者盡到法律所要求的舉證義務，其加班工資的主張就應得到支持。

在考勤記錄、勞動合同、工資支付憑證、證人證言、工作記錄、用人單位的陳述等證據都可以用來證明加班事實是否存在，其證明力是否充分，并不受所謂用人單位工資憑證保存期2年之限。例如，勞動者主張勞動合同終止或解除前第3年的加班工資，提供的證據包括：勞動合同(約定了勞動者工資)、考勤記錄(載有加班的記錄)、工資單或銀行收入記錄(載明的工資收入未超過勞動合同約定工資)，再加上同事的證人證言，以及同期的有關加班事實的工作記錄等等。以時效為由一概否定其加班的事實，顯然與法相悖，也與情理不符。