河南省共有32所二本批次招生的大學參與了2016河南二本大學排名理科，其中排名第一的是新鄉醫學院，排名第二的是華北水利水電大學，排名第三的是河南工業大學。
以下是河南二本大學排名理科2016具體榜單，根據2015年理科二本錄取均分排名，包含部分專業在二本招生的一本大學。
| 河南二本大學排名 | 學校名稱 | 錄取線差 | 省市分數線 | 錄取均分 |
| 1 | 新鄉醫學院 | 70 | 458(第二批) | 528 |
| 2 | 華北水利水電大學 | 67 | 458(第二批) | 525 |
| 3 | 河南工業大學 | 57 | 458(第二批) | 515 |
| 4 | 鄭州航空工業管理學院 | 55 | 458(第二批) | 513 |
| 5 | 河南財經政法大學 | 55 | 458(第二批) | 513 |
| 6 | 河南中醫藥大學 | 52 | 458(第二批) | 510 |
| 7 | 河南理工大學 | 51 | 458(第二批) | 509 |
| 8 | 河南師范大學 | 50 | 458(第二批) | 508 |
| 9 | 鄭州輕工業學院 | 41 | 458(第二批) | 499 |
| 10 | 洛陽理工學院 | 40 | 458(第二批) | 498 |
| 11 | 信陽師范學院 | 37 | 458(第二批) | 495 |
| 12 | 河南科技大學 | 37 | 458(第二批) | 495 |
| 13 | 中原工學院 | 36 | 458(第二批) | 494 |
| 14 | 河南農業大學 | 35 | 458(第二批) | 493 |
| 15 | 鐵道警察學院 | 492 | ||
| 16 | 河南工程學院 | 34 | 458(第二批) | 492 |
| 17 | 河南警察學院 | 33 | 458(第二批) | 491 |
| 18 | 河南科技學院 | 28 | 458(第二批) | 486 |
| 19 | 洛陽師范學院 | 27 | 458(第二批) | 485 |
| 20 | 安陽工學院 | 24 | 458(第二批) | 482 |
| 21 | 河南城建學院 | 22 | 458(第二批) | 480 |
| 22 | 許昌學院 | 19 | 458(第二批) | 477 |
| 23 | 南陽理工學院 | 19 | 458(第二批) | 477 |
| 24 | 安陽師范學院 | 18 | 458(第二批) | 476 |
| 25 | 新鄉學院 | 17 | 458(第二批) | 475 |
| 26 | 南陽師范學院 | 17 | 458(第二批) | 475 |
| 27 | 商丘師范學院 | 12 | 458(第二批) | 470 |
| 28 | 河南牧業經濟學院 | 11 | 458(第二批) | 469 |
| 29 | 黃淮學院 | 9 | 458(第二批) | 467 |
| 30 | 頂山學院 | 8 | 458(第二批) | 466 |
| 31 | 周口師范學院 | 7 | 458(第二批) | 465 |
| 32 | 信陽農林學院 | 3 | 458(第二批) | 461 |
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